La película comienza con una parada de Wille en París, Francia, que, al igual que las afueras del antiguo Tokio-3, se ha convertido en material central. Un equipo desciende del Wunder, compuesto por Ritsuko, Maya, tres de los subordinados masculinos de Maya y Mari en el Eva-08, y aterriza sobre un misterioso pilar negro. Ritsuko actúa como vigía mientras Maya y sus hombres se conectan al pilar negro a través de una computadora portátil para reanudar la activación de un “Sistema Anti-L”, algo que un equipo de europeos había muerto anteriormente al intentarlo. Cuando comienza la operación, grandes cantidades de un tipo de Eva nunca antes visto, los 44A aéreos, aparecen en cuatro oleadas, y Mari los detiene, asistida por el timonel Sumire Nagara utilizando las intrincadas capacidades de “vuelo por cable” del Wunder. Una vez que todos los Eva han sido derrotados, dos nuevos tipos de Eva enemigos aparecen de un capullo camuflado: una unidad 4444C con un Cañón de positrones y el pequeño ejército de Eva 44B equipados con generadores que le suministran energía. Si bien se utilizan buques de guerra suspendidos por cable equipados con ESV para bloquear el primer disparo, el equipo queda indefenso para el segundo disparo inmediato, ya que todos los barcos han sido destruidos por el primer disparo. Con la ayuda de Nagara, el Eva-08 carga el 4444C con la Torre Eiffel caída y antes de que pueda cargarse por completo, Mari puede girar la torre hacia abajo por el cañón del arma del 4444C, destruyéndolo tanto a él como a los 44B, a costa de daños menores a Las piernas del Eva-08.
Maya y los demás activan con éxito el pilar, que en realidad era una versión gigante de los pilares de sellado que se ven en las dos películas anteriores. Se crea un radio de efecto que hace retroceder la conversión del núcleo, restaurando parte de la ciudad. Una gran colección de E.U. Los casilleros de almacenamiento de Nerv emergen del subsuelo, llenos de piezas de repuesto, municiones y componentes de Eva para lo que parece ser un modelo mejorado de Jet Alone. El Wunder y su flota de apoyo descienden, y se envían dos equipos para recuperar las piezas y los repuestos, y Mari reflexiona que el Eva-02 se puede reparar y el Eva-08 se modificará para que sea compatible con “Superposición”. La escena termina con Mari prometiendo volver por Shinji.